O POP3 e IMAP são dois protocolos de recebimentos de correio eletrônico mais utilizados, que suportam a maioria dos software de gerenciamento de e-mail, como o Microsoft OutLook e o Mozilla Thunderbird.
POP3
O protocolo POP3 baixa todos os e-mails do servidor no computador onde está configurada a conta de e-mail, deletando os e-mails do servidor, liberando assim espaço para a entrada de novos e-mails.
Existe também a possibilidade de manter uma cópia da mensagem no servidor durante um determinado período, podendo a mensagem ser baixada novamente em outro cliente de e-mail (em seu celular por exemplo).
IMAP
Enquanto o protocolo IMAP sincroniza o software de gerenciamento de emails (Outlook) com o servidor onde os e-mails estão. Como se fosse um WebMail, assim que conectado ele te mostra em tempo real os e-mails que estão no servidor, registra leitura de e-mails, etc.
POP3 x iMAP
Use o protocolo POP3 caso sua conexão seja instável ou o espaço de armazenamento do e-mail seja pequeno, liberando assim sempre o espaço para o recebimento de novos e-mails.
Use IMAP se você possuir uma conexão estável para poder ter a sicronização de seu software com o servidor de emails.